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Eptesicus (Histiotus) magellanicus is a relatively rare and poorly known Patagonian endemic. This species is currently recognized as a valid, but until recently some authors treated it as a subspecies of E. (H.) montanus. In fact, no molecular data exist to support the distinctiveness of the former. In Patagonia, the distribution of these two species overlap marginally; they are also sympatric with a third Histiotus species, E. (H.) macrotus. In this study, we present for the first time molecular data that corroborate morphological evidence of the separation between E. (H.) magellanicus from other Eptesicus (Histiotus) species, in special the ones with which it shares its distribution. We sequenced a nuclear intron (THY) and the cytochrome b (Cyt b) gene from specimens of E. (H.) magellanicus, E. (H.) montanus, and E. (H.) macrotus, collected in the Chubut Province (Argentina), and from an undescribed Eptesicus (Histiotus) species from Peru. We included these sequences in a phylogenetic analysis together with previously published sequences of four typical Eptesicus species. The THY intron showed very little variation, while the Cyt b phylogeny recovered three highly supported Histiotus clades. A highly supported clade comprising all specimens of E. (H.) magellanicus was the first to split off Histiotus, suggesting that the Andean region was important during the early diversification of the genus. Unexpectedly, the clade containing the specimens of E. (H.) macrotus and E. (H.) montanus showed no internal resolution, either questioning their mutual identity as a separate species, or suggesting the occurrence of local hybridization and introgression.

Diferenciación genética mitocondrial y relaciones filogenéticas entre tres especies de Eptesicus (Histiotus) en una zona de contacto en la Patagonia. Eptesicus (Histiotus) magellanicus es una especie endémica de Patagonia, relativamente rara y pobremente conocida. Actualmente Eptesicus (Histiotus) magellanicus es reconocida como especie válida; sin embargo, recientemente ha sido considerada como subespecie de Eptesicus (H.) montanus por algunos autores. En Patagonia estas dos especies solapan sus distribuciones marginalmente, donde además son simpátricas con una tercera especie, Eptesicus (H.) macrotus. En este estudio presentamos por primera vez datos moleculares que corroboran la evidencia morfológica que diferencian a E. (H.) magellanicus del resto de las especies de Histiotus, en especial con aquellas con las que comparte su distribución. Se secuenciaron un intron del gen de la tirotropina y gen citocromo b para especímenes de E. (H.) magellanicus, E. (H.) montanus, y E. (H.) macrotus, colectados en la provincia del Chubut (Argentina), y dos ejemplares de Eptesicus (H.) sp. de Perú. Analizamos sus secuencias junto con otras previamente publicadas para cuatro especies típicas de Eptesicus. El gen tirotropina mostró muy poca variación, mientras que la filogenia obtenida con el gen citocromo b recuperó tres clados de Histiotus fuertemente soportados. El clado que incluyó a todos los especímenes de E. (H.) magellanicus fue el primero en separarse dentro de Histiotus, sugiriendo que la región andina fue importante durante la diversificación temprana del género. Inesperadamente, el clado que contenía las muestras de E. (H.) macrotus y de E. (H.) montanus no mostró resolución interna, sugiriendo dos posibles alternativas, la existencia de una única especie o la ocurrencia de hibridación e introgresión local.