Skin or bone? Assessing microsatellite genotyping success in Puma concolor and Lycalopex gymnocercus samples from Argentinean natural history collections

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Biological material stored in Natural History Collections (NHCs) represents a key source of data for genetic studies, although specimen age (year of collection) and preservation methods may affect DNA integrity. We investigated microsatellite genotyping success of DNA isolated from 265 soft (skin) and hard (bone) samples of puma Puma concolor and Pampas fox Lycalopex gymnocercus specimens (collected between 1905 and 2022) from Argentinean NHCs. Overall, 43.8% of the samples were successfully genotyped, with significantly higher success for those collected after 1989 than up until the same year (62.8% vs. 17.9%). When comparing sample types, skin exhibited a significantly higher success rate than bone samples (51.8% vs. 37.8%). Limited to the Pampas fox, we found no significant differences in DNA concentration between genotyped and non-genotyped samples, while a slight negative correlation was observed between DNA concentration and sample age. We report simple and efficient sampling protocols, which could be widely applied for future studies based on biological material from NHCs. The advantages of skin sampling are twofold: it is only minimally affecting specimen integrity, especially for medium- to large sized carnivore mammal species, and it offers a suitable source of DNA from specimens hosted within collections for less than 30 years. However, the bone sampling approach we propose may provide a more reliable source of DNA for older specimens.


¿Piel o hueso? Evaluación del éxito de genotipado de microsatélites en muestras de Puma concolor y Lycalopex gymnocercus procedentes de colecciones de historia natural de Argentina. El material biológico depositado en Colecciones de Historia Natural (CHN) constituye una fuente invalorable de datos para estudios genéticos, a pesar de que la antigüedad de los especímenes (año de colecta) y los métodos de preservación pueden afectar la integridad del ADN. Investigamos el éxito de genotipado de microsatélites a partir de ADN aislado de 265 muestras (cueros y huesos) de puma (Puma concolor) y zorro pampeano (Lycalopex gymnocercus), colectados entre 1905 y 2022 en CHN de Argentina. En conjunto, el 43,8% de las muestras fueron genotipadas, con un éxito significativamente mayor en aquellas colectadas a partir de 1990, en comparación con las obtenidas antes de ese año (62,8% vs. 17,9%). Al comparar los tipos de muestra, los cueros mostraron un éxito significativamente superior al de los huesos (51,8% vs. 37,8%). En el caso del zorro, no se encontraron diferencias significativas en la concentración de ADN entre las muestras genotipadas y no genotipadas, aunque se observó una leve correlación negativa entre la concentración de ADN y la antigüedad de la muestra. En este trabajo presentamos protocolos de muestreo simples y eficientes, que pueden aplicarse en futuros estudios basados en material biológico de CHN. Entre las ventajas del muestreo de cueros, se puede mencionar que este afecta mínimamente la integridad del espécimen —especialmente en mamíferos carnívoros de tamaño mediano a grande— y ofrece una fuente adecuada de ADN en ejemplares alojados en colecciones por menos de 30 años. Por otra parte, el método de muestreo óseo que proponemos constituiría una fuente más confiable de ADN en especímenes antiguos.

Reproductive ecology of a marsupial species in an urban fragment forest in the eastern of Amazon

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In this study, we investigated the population dynamics and reproductive patterns of Monodelphis domestica in an urban forest fragment on São Luís Island, Maranhão, Brazil. The data were collected using capture-recapture techniques with Sherman® traps. The age classification and reproductive status of the females were determined based on an analysis of their external morphological characteristics. The relationship between the incidence of reproductive females and environmental variables (precipitation and day length) was analyzed using logistic regression models. The results demonstrated a high recapture ratio and evidence of reproduction throughout the year, peaking in April, May, and June. The occurrence of juveniles overlapped with adults, contributing to the renewal of the population. The reproductive behavior of M. domestica varies and may be influenced by the accessibility of food resources and contact with male pheromones. This finding suggests that urban forest fragments play a crucial role in the conservation of this species.


Ecologia reprodutiva de uma espécie de marsupial em fragmento urbano da Amazônia Oriental. Este estudo investigou a dinâmica populacional e os padrões reprodutivos de Monodelphis domestica em um fragmento florestal urbano na Ilha de São Luís, Maranhão, Brasil. As coletas foram baseadas em dados de captura-recaptura, utilizando armadilhas Sherman®. A classificação etária e o estado reprodutivo das fêmeas foram determinados com base em características morfológicas externas. A relação entre a incidência de fêmeas reprodutivas e variáveis ambientais (precipitação e fotoperíodo) foi analisada por meio de modelos de regressão logística. Os resultados demonstram indícios de alta porcentagem de recaptura, bem como uma reprodução ao longo de quase todo o ano, com picos em abril, maio e junho, com indivíduos juvenis apresentando uma certa sobreposição em relação aos adultos e compondo a renovação da mesma população. O comportamento reprodutivo de M. domestica apresenta uma variabilidade que pode ser influenciada pela acessibilidade dos recursos alimentares e pelo contato com os feromônios masculinos. Este fato sugere que os fragmentos florestais urbanos desempenham um papel crucial na conservação da espécie.

Graphical abstract for the article “Reproductive ecology of a marsupial species in an urban fragment forest in the Eastern of Amazon” (A. G. C. Lobato et al., 2026)

Unveiling bioturbation of a subterranean herbivorous rodent in a high-altitude cold desert using ground-penetrating radar

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Subterranean rodents are key ecosystem engineers whose burrowing activity modifies soil structure and vegetation. In this study, we used ground-penetrating radar (GPR) to non-invasively assess the bioturbation footprint of Ctenomys mendocinus in the southernmost portion of the Puna ecoregion, the Desert Puna (Argentina). Our objectives were to (1) determine the maximum depth of burrows, (2) quantify the proportion of soil affected by the rodent’s activity, and (3) detect possible legacy burrow structures in areas without visible surface signs. Seven 15 × 50 m grids (750 m² each) were surveyed with GPR, five showing surface activity and two without it. The radar detected tunnel-like anomalies at all sites, with most disturbance concentrated between 10 and 20 cm in deep. Maximum burrow depth reached 0.75 m. In areas lacking surface mounds or openings, subsurface hyperbolic reflections indicated the presence of historical burrows. These results demonstrate that surface observations underestimate the true extent of bioturbation and that C. mendocinus leaves a lasting legacy belowground. Our findings highlight the value of GPR in detecting both past and present fossorial activity and in assessing the ecological influence of subterranean rodents in arid mountain environments.


Revelando la bioturbación de un roedor herbívoro subterráneo en un desierto frío de gran altitud mediante radar de penetración terrestre. Los roedores subterráneos son ingenieros ecosistémicos clave, cuya actividad de excavación modifica la estructura del suelo y la vegetación. En este estudio utilizamos un radar de penetración terrestre (GPR) para evaluar de forma no invasiva la huella de bioturbación de Ctenomys mendocinus en el extremo sur de la ecorregión Puna, la Puna Desértica (Argentina). Nuestros objetivos fueron: (1) determinar la profundidad máxima de las cuevas, (2) cuantificar la proporción de suelo afectado por la actividad del roedor, y (3) detectar posibles estructuras de madrigueras antiguas en áreas sin signos superficiales actuales visibles. Se relevaron siete grillas de 15 × 50 m (750 m² c/u), con GPR, cinco con actividad superficial visible y dos sin ella. El radar detectó anomalías similares a túneles en todos los sitios, con la mayor actividad entre los 10 y 20 cm de profundidad. La profundidad máxima registrada fue de 0,75 m. En áreas sin montículos ni bocas visibles, las reflexiones hiperbólicas subsuperficiales indicaron la existencia de madrigueras históricas. Estos resultados demuestran que la observación superficial subestima la verdadera extensión de la bioturbación y que C. mendocinus deja un legado persistente en el subsuelo. Nuestros hallazgos resaltan el valor del GPR para detectar actividad fosorial pasada y presente, y para evaluar la influencia ecológica de roedores subterráneos en ambientes montañosos áridos.

Graphical abstract for the article “Unveiling bioturbation of a subterranean herbivorous rodent in a high-altitude cold desert using ground-penetrating radar” (J. P. Demartini et al., 2026)

The genera Hoplomys and Proechimys (Rodentia: Echimyidae) synonymized

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Overall morphological similarity between the armored rat (Hoplomys gymnurus) and the spiny rats, especially the Tome’s spiny rat (Proechimys semispinosus), has been noticed before, but this similarity has yet to be quantified. Here, we used 35 morphometric measurements from the skull of H. gymnurus and other echimyid species (including P. semispinosus) to quantify this similarity. Discriminant function analysis revealed marked similarities between armored and spiny rats. Our results are consistent with previous morphological and molecular analyses, where the proximity of these two genera was suggested. Given the new morphological evidence, we propose that these two genera should be synonymized; this taxonomic change would revalidate the name Proechimys gymnurus.


Los géneros Hoplomys y Proechimys (Rodentia: Echimyidae) sinonimizados. La similitud morfológica general entre la rata acorazada (Hoplomys gymnurus) y las ratas espinosas, especialmente la rata espinosa de Tome (Proechimys semispinosus), se ha observado antes, pero esta similitud aún no se ha cuantificado. Aquí utilizamos 35 medidas morfométricas del cráneo de H. gymnurus y otras especies de equímidos (incluido P. semispinosus) para cuantificar esta similitud. El análisis de la función discriminante reveló marcadas similitudes entre ratas con armadura y espinosas. Nuestros resultados son coincidentes con análisis morfológicos y moleculares previos, donde se sugirió la proximidad de estos dos géneros. Dada la nueva evidencia morfológica, proponemos que estos dos géneros sean sinonimizados; este cambio taxonómico revalidaría el nombre Proechimys gymnurus.

Graphical abstract for the article “The genera Hoplomys and Proechimys (Rodentia: Echimyidae) synonymized” (Herrera-Martínez et al., 2026)

Tropical felids, activity patterns, and anthropogenic pressures: a study in the Cordillera del Cóndor, Ecuador

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Interactions between Neotropical felids, such as pumas (Puma concolor), ocelots (Leopardus pardalis), margays (L. wiedii), and clouded tiger cats (L. pardinoides), vary depending on their territorial behaviors. These felids are threatened by habitat degradation from urban and agricultural expansion and industrial activities, resulting in declining populations and greater vulnerability to environmental stressors. This study used camera traps to investigate the interactions and activity patterns of these felids in the Cordillera del Cóndor of southern Ecuador. We used negative binomial generalized regression models to analyze anthropogenic stressors and land cover variation on felid presence in three adjoining study sites: two mining concessions and a wildlife refuge. Our results showed that puma presence negatively impacts margay presence. We also observed a difference in activity periods for pumas, who were more diurnal in one of the concessions and more nocturnal at the other two sites. Puma presence was positively influenced by distance from the mining operation and associated infrastructures, but not by distance from other anthropogenic features. Finally, the influence of mining-related activities was a more significant indicator of small cat presence than land cover or other environmental factors, but to varying degrees. These results indicate a need for further monitoring of anthropogenic activities, such as mining, on felid communities, and provide an opportunity for collaboration with industry to reduce these impacts.


Felinos tropicales y presiones antropogénicas: un estudio en la Cordillera del Cóndor, Ecuador. Las interacciones entre los félidos neotropicales, como el puma (Puma concolor), el ocelote (Leopardus pardalis), el margay (L. wiedii) y la oncilla nublada (L. pardinoides), varían en función de sus comportamientos territoriales. Estos félidos están amenazados por la degradación de su hábitat debida a la expansión urbana y agrícola y a las actividades industriales, lo que se traduce en una disminución de sus poblaciones y una mayor vulnerabilidad a las amenazas. Este estudio utilizó cámaras trampa para investigar las interacciones y patrones de actividad de estos félidos en la Cordillera del Cóndor, al sur de Ecuador. Utilizamos modelos de regresión generalizada binomial negativa para analizar los factores de estrés antropogénicos y la variación de la cubierta terrestre sobre la presencia de félidos en tres sitios de estudio adyacentes: dos concesiones mineras y un refugio de vida silvestre. Nuestros resultados mostraron que la presencia de puma afecta de manera negativa a la presencia de tigrillo. También observamos una diferencia en los períodos de actividad de los pumas, que eran más diurnos en una de las concesiones, mientras que eran más nocturnos en los otros dos sitios. La presencia de pumas se vio influida de manera positiva por la distancia a la explotación minera y las infraestructuras asociadas, pero no por la distancia a otros factores antropogénicos. Por último, la influencia de las actividades relacionadas con la minería fueron indicadores más significativos de la presencia de pequeños felinos que la cobertura del suelo u otros factores ambientales, pero en grados variables. Estos resultados indican la necesidad de un mayor seguimiento de las actividades antropogénicas, como la minería, sobre las comunidades de félidos y brindan la oportunidad de colaborar con la industria para reducir estos impactos.

Graphical abstract for the article “Tropical felids, activity patterns, and anthropogenic pressures: a study in the Cordillera del Cóndor, Ecuador” (Arostegui Armijos et al., 2026)