Genetic diversity and population structure of the Pampas fox, Lycalopex gymnocercus, in a human-dominated landscape of southern Espinal, Argentina

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Habitat fragmentation and the associated landscape connectivity loss can reduce gene flow among populations, which could lead to a decrease in genetic variability, and an increase in the extinction risk of a species. The main goal of this study was to provide genetic diversity and population structure data for Pampas foxes from the southern Argentine Espinal ecoregion. Through the analyses of 30 tissue samples collected during 2013–2018, we were able to genotype 23 individuals at 18 microsatellite loci. Results indicate high diversity values, and exhibiting an average of 10 alleles per locus (min = 6, max = 13), 0.71 (range = 0.35–0.91) of mean observed heterozygosity and 0.83 (min = 0.61, max = 0.91) of mean expected heterozygosity. Bayesian analyses suggest no population structure. Finally, we did not detect a pattern of isolation by distance. The high habitat adaptability and the generalist feeding behavior of Pampas fox may explain our findings, which are in agreement with the general patterns described for other fox species. The panel of microsatellites employed in this study proved to be suitable for Pampas fox genotyping and it can be used in further genetic assessments needed to validate and expand our understanding of its population genetics.

Diversidad genética y estructura poblacional del zorro pampeano Lycalopex gymnocercus en un paisaje antropizado del sudoeste del Espinal argentino. La fragmentación del hábitat y la pérdida asociada de conectividad del paisaje influencian el flujo génico entre poblaciones, lo que puede conducir a una disminución de la variabilidad genética, aumentando el riesgo de extinción de una especie. El objetivo principal de este estudio fue proveer datos sobre la diversidad genética y la estructura poblacional del zorro pampeano en la zona sur de la ecorregión del Espinal argentino. A través del análisis de 30 muestras de tejidos colectadas durante 2013–2018, genotipamos 23 individuos con 18 loci de microsatélites. Nuestros resultados indican valores de diversidad altos, exhibiendo en promedio 10 alelos por locus (mín = 6, máx = 13), 0.71 (mín = 0.35; máx = 0.91) de heterocigosis media observada y 0.83 (mín = 0.61; máx = 0.91) de heterocigosidad esperada. Los análisis bayesianos sugieren la ausencia de estructura poblacional. Finalmente, no se detectó un patrón de aislamiento por distancia. La elevada capacidad de adaptarse a diferentes hábitats y la dieta generalista del zorro pampeano podrían explicar nuestros resultados, los cuales concuerdan con los patrones generales descriptos para otras especies de zorros. El set de microsatélites empleado en este estudio demostró ser adecuado para genotipar al zorro pampeano y podría utilizarse en evaluaciones genéticas adicionales necesarias para validar y ampliar nuestra comprensión de la genética poblacional de la especie.

Graphical abstract for the article “Genetic diversity and population structure of the Pampas fox, Lycalopex gymnocercus, in a human-dominated landscape of southern Espinal, Argentina” (Pizzano et al., 2021)

Temporal and spatial patterns of the long-range calls of maned wolves (Chrysocyon brachyurus)

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Passive acoustic monitoring can aid conservation efforts and elucidate the behavior and ecology of nocturnal/crepuscular secretive species, like the maned wolf. Here we characterize the seasonal, lunar, and nightly patterns in the long-range vocalizations (roar-barks) of free ranging maned wolves at Serra da Canastra National Park (Brazil) throughout eight months of recordings over two years with a grid of 12/13 autonomous recorders. We found an increase in vocal activity coinciding with the mating and the circa-parturition period of the species. Those peaks indicate a role of roar-barks in partner attraction and mate guarding, and in intra-familiar-group communication. Vocal activity happened throughout all recorded periods and was much higher at some sites than at others, suggesting that roar-barks also function to announce territorial ownership and defense. Maned wolves vocalize more around the waxing gibbous lunar phase, and after dusk until mid-night. Moonlight likely reduces foraging time, resulting in more time available to communicate acoustically, while vocalizations early on the onset of activity suggest a territorial announcement function. Group vocalizations did not always follow the general vocal activity pattern, which suggests that social events may require: immediate response, as territorial contests; and/or simultaneous location of animals, as mate guarding, and joint territorial defense. Based on spatial patterns, we estimate between 6 and 11 individuals contributed to the recordings.

Padrões espaciais e temporais dos chamados de longa distância de lobos-guará (Chrysocyon brachyurus). O monitoramento acústico passivo pode ajudar nos esforços para conservação e elucidar o comportamento e ecologia de espécies evasivas noturno-crepusculares, como o lobo-guará. Aqui nós caracterizamos os padrões sazonais, lunares e nictemerais nas vocalizações de longo alcance (aulidos) de lobos-guará de vida livre no Parque Nacional da Serra da Canastra (Brasil) através de oito meses de gravações ao longo de dois anos com uma rede de 12/13 gravadores autônomos. Nós descobrimos um aumento na atividade vocal coincidindo com a estação de acasalamento e o período em torno do parto. Esses picos indicam que os aulidos têm um papel na atração e guarda de parceiros e na comunicação intra grupo familiar. Houve atividade vocal durante todo o período amostral e mais em alguns locais do que em outros, sugerindo que aulidos também funcionam para anúncio e defesa territorial. Lobos-guará vocalizam mais na Lua crescente gibosa e depois do anoitecer até meia-noite. A luz da Lua provavelmente reduz o tempo de forrageio, resultando em mais tempo disponível para comunicação acústica, enquanto vocalizações logo no início da atividade sugerem uma função de anúncio territorial. Vocalizações de grupo nem sempre seguiram o padrão geral de atividade vocal, sugerindo que eventos sociais requerem: resposta imediata, como disputas territoriais; e/ou localização simultânea dos animais, como para guarda de parceiro e defesa territorial conjunta. Baseado nos padrões espaciais, nós estimamos que entre 6 e 11 animais contribuíram para as gravações.

First record of bush dog, Speothos venaticus, for the Cerrado of São Paulo, Brazil

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We provide an updated geographical distribution map of Speothos venaticus (Lund, 1842) for Brazil and report the first record of this species for the Cerrado of São Paulo, which was known only from the Atlantic Rain Forest within the state. We built the distribution map based on occurrence sites for the species in Brazil available in the literature and our new record: a deceased male cub, found near a forest fragment in a matrix of sugarcane plantations. We performed ecological niche modeling with GIS analysis to obtain a predictive map of the areas potentially suitable for S. venaticus. This species distribution and ecology are still poorly known, and additional studies are needed to evaluate its current state of conservation.

Primeiro registro de cachorro-vinagre, Speothos venaticus, para o cerrado de São Paulo, Brasil. Nós apresentamos um mapa de distribuição atualizado de Speothos venaticus para o Brasil e reportamos o primeiro registro desta espécie para o Cerrado de São Paulo, que era conhecida apenas para a Mata Atlântica desse estado. Construímos o mapa, baseado nas ocorrências relatadas na literatura para o Brasil e no nosso novo registro: um filhote macho morto, encontrado próximo a um fragmento florestal cercado por uma área de plantação de cana-de-açúcar. Nós realizamos uma análise GIS para obtermos um mapa preditivo de modelagem das áreas provavelmente mais adequadas para S. venaticus. A distribuição e ecologia dessa espécie ainda são pouco conhecidos, e estudos adicionais são necessários para avaliar seu real estado de conservação.

Clinical signs suggestive of mange infestation in a free-ranging maned wolf (Chrysocyon brachyurus) in the Moxos savannahs of Beni, Bolivia

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Sarcoptic mange is usually endemic in wild canid populations. Several other infectious and parasitic disease agents have been reported for free-ranging maned wolves (Chrysocyon brachyurus). This field report documents the sighting of a free-ranging maned wolf in the Beni department of Bolivia with clinical signs suggestive of sarcoptic mange-like infestation. The constant threat of transmission of mange from domestic dogs as well as other species of wild canids could have detrimental effects on the population.

Señales clínicas de infestación por sarna en el borochi (Chrysocyon brachyurus) en los llanos de Moxos, departamento del Beni, Bolivia. La sarna sarcóptica es generalmente endémica de las poblaciones de cánidos silvestres. Algunos agentes de enfermedades infecciosas y parasitarias han sido reportados para el borochi (Chrysocyon brachyurus) en estado silvestre. Este trabajo documenta el avistaje de un borochi silvestre en el departamento del Beni, Bolivia, con signos clínicos que sugieren infestación por sarna sarcóptica. La amenaza constante de transmisión de sarna proveniente de perros domésticos así como de otras especies de cánidos silvestres puede tener efectos desfavorables en la población.

Applications and implications of phylogeography for canid conservation

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Phylogeographic studies are currently used to infer historical demographic processes such as gene flow, determination of effective population sizes, colonisation dynamics, and population bottlenecks, as well as for the determination of species boundaries and the identification of possible conservation units. We present a review of the main contributions of this approach, and its applications and implications for canid conservation. Studies performed in canids have shown that the number of named subspecies is often larger than that of phylogeographic units. In recent times, the fragmentation of habitats has increased and one of the major concerns of conservation biologists is the occurrence of inbreeding. Large-sized canids have demonstrated to have enough physiological and behavioural plasticity to survive in open habitats, while smaller species that depend on closed habitats are more susceptible to fragmentation. Another process that strongly affects canids is hybridisation because contacts between wild and domestic populations have increased, leading to gene introgression into natural populations. Canids are a key element in food chains; thus, a precise knowledge of intraspecific subdivision is of the utmost relevance for their management before these carnivores disappear, with unknown social, economic, and ecological consequences. In this sense, phylogeographic studies constitute a fundamental tool.

Aplicaciones e implicaciones de la filogeografía para la conservación de los cánidos. Los estudios filogeográficos son actualmente usados para inferir procesos demográficos históricos como el flujo génico, la determinación de tamaños efectivos de población, dinámicas de colonización y cuellos de botella poblacionales, así como la determinación de límites entre especies y la identificación de posibles unidades de conservación. Presentamos una revisión de las principales contribuciones de este enfoque y sus aplicaciones e implicaciones a la conservación de los cánidos. Estudios realizados en cánidos han mostrado que el número de subespecies nominales es con frecuencia mayor que el de las unidades filogeográficas. En épocas recientes, la fragmentación de los habitats se ha incrementado y una de las mayores preocupaciones de los biólogos conservacionistas es la ocurrencia de endogamia. Los cánidos de gran tamaño han demostrado poseer suficiente plasticidad fisiológica y comportamental para sobrevivir en hábitats abiertos, en tanto que las especies más pequeñas que dependen de hábitats cerrados son más susceptibles a la fragmentación. Otro proceso que afecta fuertemente a los cánidos es la hibridación, ya que han aumentado las zonas de contacto entre poblaciones silvestres y domésticas llevando a la introgresión de genes en el acervo génico de las poblaciones naturales. Los cánidos son un elemento clave de las cadenas alimentarias por lo que un conocimiento preciso de sus actuales subdivisiones evolutivas es de máxima importancia para su manejo antes de que estos carnívoros desaparezcan produciendo consecuencias sociales, económicas y ecológicas aún desconocidas. En este sentido, los estudios filogeográficos constituyen una herramienta fundamental.

Uso de hábitat de carnívoros simpátricos en una zona de bosque seco tropical de Colombia


Se realizó un estudio sobre el uso del hábitat de tres especies de carnívoros en un área de bosque seco tropical en el Fuerte Militar de Tolemaida. La importancia de esta zona se debe a que contiene un remanente de bosque seco con acceso restringido, lo que le permitiría ser una posible área de conservación de fauna, teniendo en cuenta el alto grado de degradación de estos bosques en Colombia. Se instalaron trampas de huellas con estaciones olfativas en diferentes coberturas vegetales como bosque, arbustal y pastizal. Para analizar el uso del hábitat se aplicó la prueba Z de Bonferroni con intervalos del 95% de confianza. Cerdocyon thous y Leopardus pardalis prefirieron arbustales, mientras que Puma yagouaroundi prefirió bosque y arbustal. Posiblemente el arbustal sea usado como zona de forrajeo o de paso entre bosques. Adicionalmente las tres especies se encontraron asociadas al agua, vías y viviendas de la zona. La presencia de las tres especies tanto en los bosques como en los arbustales muestra la importancia de los dos tipos de cobertura vegetal para permitir su presencia en el fuerte militar. Dado el acceso restringido y el nivel de protección al interior de las áreas militares, sugerimos considerar estas áreas en planes de manejo y conservación.

Habitat use by sympatric carnivores in a tropical dry forest area of Colombia. The objective of this study was to make an estimation of how three species of carnivores use the habitat in an area of Tropical Dry Forest located in the Tolemaida Military Base (Colombia, South America). Track traps with olfactory stations were used on different vegetation covers such as forest, shrubs and high grasses. For the statistical analysis we used the Bonferroni Z Test with a 95% confidence interval for habitat use establishment. After the study, we were able to conclude that Cerdocyon thous and Leopardus pardalis preferred the shrub habitat, while Puma yagouaroundi preferred the shrub and forest zones. There is still a possibility that the shrub is used as a foraging zone or as a passing area between forests. Additionally, we were able to associate these three species to water, roads and housing areas. Traces of these three species were found in the forest as well as in the shrubs, showing the importance of both types of vegetation covers for their presence in the military base. Considering the restricted access and level of protection inside the base, our suggestion is to regard these areas for conservation and planning programs.