Vaginal smears: a key source of information on the estrous cycle of Neotropical bats

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The use of vaginal smears for the study of the reproductive patterns of Neotropical bats has not been employed using a standardized protocol. We developed and evaluated a protocol, based on this technique, for the identification of the estrous cycle in an assemblage of bats in the Caribbean region of Colombia. The protocol for vaginal smears in bats was performed in three phases: 1) sampling in the field, 2) staining of vaginal smears, and 3) vaginal cell counts. Vaginal smears were taken and external reproductive characteristics were determined in the field. The results of these two data sets were compared for estimation of estrous status. Significant differences were detected between the proportions of different types of vaginal cells found in the smear samples. Overall, 95% of the females characterized as reproductively inactive based on external traits were found to be reproductively active according to vaginal smear characteristics; the remaining percentage of inactive reproductive cases coincided with the information obtained from vaginal smear technique. The use of the vaginal smear protocol allows the accurate determination and quantification of the reproductive status of individuals and populations of Neotropical bats. We conclude that this protocol offers a standardized method for the collection of individual reproductive status information in Neotropical bats.


Citologías vaginales: una fuente clave de información del ciclo estral en murciélagos neotropicales. El uso de citologías vaginales para el estudio de los fenómenos reproductivos de los murciélagos neotropicales no ha sido implementado bajo un protocolo estandarizado. Evaluamos e implementamos un protocolo de citologías vaginales, con el objetivo de probar su eficacia para la identificación del ciclo estral de un ensamblaje de murciélagos en el Caribe colombiano. El protocolo para realizar citologías vaginales en murciélagos neotropicales se dividió en tres fases: 1) toma de muestras en campo, 2) coloración de citologías vaginales y 3) conteo de células vaginales. La prueba se realizó bajo condiciones de campo, registrando los caracteres externos reproductivos tradicionales, los cuales se confrontaron con los resultados de las citologías vaginales. Se encontraron diferencias significativas entre la proporción de los diferentes tipos de células contadas en las láminas de las citologías vaginales. El 95% de las hembras caracterizadas como inactivas mediante el registro de caracteres externos se encontraban en algún estado reproductivo de acuerdo a las citologías vaginales; el porcentaje restante de hembras caracterizadas como inactivas también presentó inactividad reproductiva según las citologías vaginales. El uso de este nuevo protocolo de caracterización reproductiva permite describir y cuantificar con mayor exactitud la actividad reproductiva, tanto individual como poblacional, de los murciélagos neotropicales. Por otra parte, sugiere una manera de estandarizar la toma de datos reproductivos a futuro.

Distribution of the Spix’s disk-winged bat, Thyroptera tricolor Spix, 1823 (Chiroptera: Thyropteridae) in Colombia, with first records for the Middle Magdalena Valley

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Thyroptera tricolor is a rarely collected bat species that inhabits lowland forests in Central and South America. We review the distribution of T. tricolor in Colombia, using previous and new records deposited in scientific collections of the world, providing a distribution map and a gazetteer with comments on available geographical information. We also provide first records for the Middle Magdalena Valley, with external and cranial measurements. These new records reduce the distributional gap between northern and southern records of the country. Additionally, by comparing dental measurements of our recent specimens with fossil records of thyropterids from the Magdalena Valley (La Venta deposits), we contribute to understanding the evolution and distribution of this group, reinforcing the hypothesis of evolutionary stasis.


Distribución del murciélago de ventosas de Spix, Thyroptera tricolor Spix, 1823 (Chiroptera: Thyropteridae) en Colombia, con nuevos registros para el valle del Magdalena Medio. Thyroptera tricolor es un murciélago rara vez colectado, que habita bosques de tierras bajas en Centro y Suramérica. Revisamos la distribución de T. tricolor en Colombia, utilizando registros previos y nuevos depositados en colecciones científicas del mundo, incluyendo un mapa de distribución y un directorio geográfico con comentarios sobre la información geográfica disponible. Proveemos los primeros registros para el valle del Magdalena Medio, con medidas externas y craneales. Los nuevos registros reducen la brecha de distribución entre el norte y el sur del país. Adicionalmente, mediante la comparación de mediciones dentales entre nuestros registros recientes y fósiles de thyroptéridos del valle del Magdalena (depósitos de La Venta), contribuimos a la comprensión de la evolución y distribución de este grupo, reforzando la hipótesis de estasis evolutiva.

Parámetros poblacionales de Oligoryzomys longicaudatus en Cholila (Chubut, Argentina)

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El objetivo de este estudio fue describir y cuantificar parámetros poblacionales de Oligoryzomys longicaudatus en Cholila (Chubut, Argentina). Para el muestreo se utilizaron líneas de remoción ubicadas estacionalmente durante cinco años en hábitats de bosques y arbustales. Además se usaron tres grillas de captura, marcado y recaptura en hábitats de arbustal, de manera bimensual durante tres años. Se estimó abundancia para cada hábitat y estación. Los animales fueron clasificados reproductivamente como activos o inactivos, realizándose conteo de embriones en hembras capturadas muertas y se estableció prevalencia de preñez en ambos hábitats. La edad de los individuos se estimó en base a la masa corporal. Se estableció tasa de sobrevida y condición de animales residentes o transeúntes para los individuos capturados en grillas. O. longicaudatus presentó fluctuaciones estacionales y diferencias interanuales entre hábitats en los valores de abundancia, siendo máximas en otoño-invierno en el arbustal y en verano-otoño en el bosque. Los adultos estuvieron más representados en todo el periodo de estudio, seguido por subadultos y bajos porcentajes de juveniles. La actividad reproductiva presentó diferencias estacionales e interanuales y entre hábitats. El número de transeúntes fue superior al de residentes, especialmente para machos. La sobrevida fue mayor en otoños e inviernos. Las diferencias de los valores de abundancia entre los años podrían ser explicadas por los parámetros reproductivos y la estructura de la población.


Population parameters of Oligoryzomys longicaudatus in Cholila (Chubut, Argentina). The objective of this study was to describe and quantify population parameters of O. longicaudatus in Cholila (Chubut, Argentina). Individuals were sampled seasonally over 5 years by removal trapping in forest and shrubland habitats, and bimonthly over 3 years with capture-mark-recapture trapping in 3 grids located in shrubland habitats. Abundance was estimated for each habitat and season. Animals were classified as reproductively active or inactive, the number of embryos in females captured dead was tallied, and the frequency of pregnancy was recorded for both habitats. Ages of individuals were estimated from body mass. Survival rate and residency status (resident vs. transient) were determined for individuals from live-trap grids. O. longicaudatus showed seasonal fluctuations and inter-annual differences in abundances between habitats; abundances were greatest in autumn-winter in shrubland and in summer-autumn in forest. Adults dominated the population throughout the study period, followed by sub-adults and juveniles in low percentages. Reproductive activity exhibited seasonal and inter-annual differences as well as differences between habitats. The number of transients was higher than residents, especially for males. Survival was higher in autumn and winter than in spring and summer. Differences in abundance among years can be explained by reproductive parameters and population structure.

A new genus for Habrothrix angustidens and Akodon serrensis (Rodentia, Cricetidae): again paleontology meets neontology in the legacy of Lund

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We describe a new genus of sigmodontine rodent to allocate a fossil species from Lagoa Santa cave deposits, Habrothrix angustidens Winge, and a living species from southeastern Atlantic Forest described at the start of the past century, Akodon serrensis Thos. Tentatively, both forms are considered as synonyms pending a detailed revision of the genus. The new genus belongs to the Akodon Division of the diverse tribe Akodontini where, based on molecular evidence, it is sister to Thaptomys, another forest-dwelling akodontine. The new genus is characterized by a unique combination of morphological traits including tail shorter than head-and-body; manual and pedal digits with short claws; skull robust with pointed rostrum, broad and somewhat flat interorbital region with frontal borders divergent posteriorly, and enlarged braincase without crests; large incisive foramina with expanded palatal process of premaxillary; broad mesopterygoid fossa with anterior margin rounded; alisphenoid strut present; carotid arterial circulation pattern primitive; molars noticeably large in relation to the skull and moderately hypsodont; main molar cusps arranged in opposite pairs; first upper molar without anteromedian flexus; length of third lower molar subequal to those of second lower molar; mandible without distinct capsular process; gall bladder present; stomach unilocular and hemiglandular; 2n = 46 (FN = 46). The new genus is an Atlantic Forest endemic, indicating that the diversity of Akodontini has been overlooked outside of the Andes.


Un nuevo género para Habrothrix angustidens y Akodon serrensis (Rodentia, Cricetidae): de nuevo palentología y neontología se encuentran en el legado de Lund. Describimos un nuevo género de roedor sigmodontino para ubicar una especie fósil de los depósitos de Lagoa Santa, Habrothrix angustidens Winge y una especie viviente del sudeste de la Selva Atlántica descripta en los comienzos de la centuria pasada, Akodon serrensis Thos. Tentativamente, ambas formas son consideradas sinónimos a la espera de una revisión detallada de la diversidad del género. El nuevo género pertenece a la División Akodon de la diversa tribu Akodontini donde, sobre la base de evidencia molecular, resulta hermano de Thaptomys, otro akodontino especialista de selva. El nuevo género se caracteriza por una combinación única de rasgos morfológicos incluyendo una cola más corta que el largo cabeza-cuerpo, garras de los dedos de la mano y el pie cortas, cráneo robusto con rostro puntiagudo, región interorbitaria ancha y algo chata con los bordes frontales divergentes hacia atrás y caja craneana agrandada y sin crestas, forámenes incisivos expandidos con proceso palatal del premaxilar bien desarrollado, fosa mesopterigoidea ancha con el borde anterior redondeado, barra alisfenoidea presente, patrón de circulación carotídea primitivo, molares notablemente grandes en relación a las proporciones del cráneo y moderadamente hipsodontes, principales cúspides de los molares dispuestas en pares opuestos, primer molar superior carente de flexo anteromediano, largo del tercer molar inferior subigual al del segundo molar inferior, mandíbula sin proyección capsular evidente, vesícula biliar presente, estómago unilocular-hemiglandular, 2n = 46 (FN = 46). El nuevo género es endémico de la Selva Atlántica, indicando una insospechada diversidad de los Akodontini en regiones extraandinas.

New observations of living Echimys saturnus (dark tree rat, Echimyidae) from eastern Ecuador

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The dark tree rat, Echimys saturnus (Thomas, 1928) is a poorly-known member of the Echimyidae family known from only a few records at scattered localities in the eastern Andean foothills. All Echimys species are difficult to see or capture and little is known about their geographic range and behavior. Here we report new observations, activity patterns and what, to our knowledge, are the first videos obtained for this species.


Nuevas observaciones de Echimys saturnus (rata arborícola oscura, Echimyidae) del este de Ecuador. La rata arborícola oscura, Echimys saturnus (Thomas, 1928), es un miembro poco conocido de la familia Echimyidae, con solo algunos pocos registros de localidades dispersas de las estribaciones orientales de los Andes. Los miembros del género Echimys son difíciles de observar o capturar y poco se sabe acerca de su distribución geográfica y comportamiento. Aquí presentamos nuevas observaciones, patrones de actividad y los que, hasta donde sabemos, son los primeros videos obtenidos para esta especie.

Population seasonal variation of Gracilinanus agilis (Mammalia: Didelphidae) in semi-deciduous forest fragments

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Population fluctuations of small tropical mammals are often related to temporal and environmental variations in resource availability. Here, we aim to associate population variation of Gracilinanus agilis with seasonality, and type and position of traps in fragments of semi-deciduous forest in Southern Goiás, Brazil. We conducted a mark-recapture study from August 2013 through August 2014. We set wire-cage and Sherman® traps in four transects, with five stations per transect, during three consecutive nights per month. Each station consisted of 1 wire cage and 1 Sherman® trap, placed alternately on the ground and in the understory (1.5–2  m height). We registered 66 individuals in 121 captures (7.8% capture success). Gracilinanus agilis was more abundant during the dry season in the understory. Males were more abundant in the dry season and females in the wet season. Data reported here are of great value for understanding population and behavioral patterns of G. agilis in the Brazilian savanna.


Variación poblacional estacional de Gracilinanus agilis (Mammalia: Didelphidae) en fragmentos de bosque semideciduo. Las fluctuaciones poblacionales de los pequeños mamíferos tropicales suelen estar relacionados con las variaciones temporales y ambientales en la disponibilidad de recursos. Aquí, nuestro objetivo es asociar la variación poblacional de Gracilinanus agilis con la estacionalidad y el tipo y la posición de las trampas en fragmentos de bosque semideciduo en el sur de Goiás, Brasil. Realizamos el muestreo a través del método de marcado y recaptura, desde agosto de 2013 a agosto de 2014. Establecimos cinco estaciones de captura por transecto, durante tres noches consecutivas por mes. Cada estación de trampas consistió en una jaula de alambre y una trampa Sherman®, colocadas alternativamente en el suelo y sotobosque (1.5–2 m de altura). Se registraron 66 individuos en 121 capturas, lo que resulta en un éxito de captura de 7.8%. Gracilinanus agilis fue más abundante en la estación seca, en el sotobosque. Los machos fueron más abundantes en la estación seca y las hembras en la estación húmeda. Los datos reportados aquí son de gran valor para la comprensión de los patrones de población y de comportamiento de G. agilis en la sabana brasileña.

Daily patterns of activity in free-living Rio Negro tuco-tucos (Ctenomys rionegrensis)

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Activity patterns are a fundamental aspect of the biology of many species, with important implications for survival and reproduction. Typically, such patterns of activity are thought to be entrained by light cues, raising intriguing questions about the nature of circadian rhythms in subterranean species, members of which spend virtually their entire lives in dark, underground burrows. As part of ongoing studies of the behavioural biology of the Rio Negro tuco-tuco (Ctenomys rionegrensis), we used data from free-living animals to characterize daily patterns of activity in this subterranean species of rodent. The locations of 5 radiocollared adults were recorded hourly for 72 consecutive hours during November, 2005. Analyses of 5 measures of activity based on these data revealed that individuals changed locations more often and moved greater distances between successive radio fixes during daylight hours. These data are consistent with studies of other ctenomyid rodents in suggesting that C. rionegrensis tends toward diurnality. Comparisons with other lineages of subterranean rodents indicate that activity patterns vary markedly among these burrow-dwelling mammals, with substantial intra- as well as inter-specific differences in activity reported.


Patrones de actividad diaria en libertad de los tuco-tucos de Río Negro (Ctenomys rionegrensis). Los patrones de actividad son un aspecto fundamental de la biología de muchas especies, con gran impacto en su sobrevivencia y reproducción. Típicamente se considera que los patrones de actividad, aun siendo endógenos, se sincronizan con la luz, lo cual plantea interrogantes sobre la expresión de los ritmos circadianos en las especies subterráneas, cuyos miembros pasan virtualmente toda su vida en oscuras cuevas subterráneas. Como parte del estudio de la biología del comportamiento del tuco-tuco de Río Negro (Ctenomys rionegrensis) colectamos datos de animales en condiciones naturales para caracterizar el patrón diario de actividad en esta especie de roedor subterráneo. Se registró la localización de 5 individuos cada hora durante 72 horas consecutivas en noviembre 2005. El análisis de 5 medidas de actividad calculadas a partir de los datos mostró que los individuos cambian de localización más frecuentemente y se mueven mayores distancias durante el día. Esta tendencia a mayor actividad diurna es consistente con estudios realizados en otras especies de ctenómidos. Las comparaciones con otros roedores subterráneos muestran que el patrón de actividad diario es un rasgo muy variable, con importantes variaciones tanto dentro como entre especies.

A case of albinism in the Central American spider monkey, Ateles geoffroyi, in Honduras

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We report the first case of complete albinism for the Central American spider monkey (Ateles geoffroyi), a juvenile female from eastern Honduras. Albinism is a genetic condition reported in numerous vertebrate species. Although normally infrequent, the incidence of albinism in populations may change as a result of environmental stress, including inbreeding in isolated populations. Coat color disorders result from pleiotropic effects in mammals. Sensory organs and nerves are particularly affected by these disorders because of the shared origin of melanocytes and neurocytes in the neural crest. The instance of an albino spider monkey from eastern Honduras might result from increased inbreeding.


Un caso de albinismo en el mono araña centroamericano, Ateles geoffroyi, en Honduras. Presentamos el primer caso de albinismo completo para el mono araña centroamericano (Ateles geoffroyi), una hembra juvenil del este de Honduras. El albinismo es una condición genética presentada en numerosas especies de vertebrados. Si bien normalmente poco frecuente, la incidencia de este fenómeno en poblaciones silvestres puede aumentar debido a estrés ambiental, cual puede ser endogamia en poblaciones aisladas. En mamíferos, los trastornos de color del pelaje son el resultado de efectos pleiotrópicos. Los órganos y nervios sensoriales se ven particularmente afectados por estos trastornos debido al origen común de los melanocitos y los neurocitos en la cresta neural. El caso de un mono araña albino en el este de Honduras podría resultar de un aumento de la consanguinidad.

Habitat use by invasive North American beaver during intermediate and long-term colonization periods in southern Patagonia

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Since their introduction to southern Patagonia in 1946, North American beavers (Castor canadensis) have become a major impact to streams and forests. Scientists and managers now call for their eradication, requiring research to orient actions. John et al. (2010) showed that predicting beaver presence, which is crucial to plan eradication efforts, varies throughout colonization time (initial = unpredictable occupation of random sites; intermediate = predictable occupation of optimal sites; long-term = unpredictable occupation of sub-optimal locations). Beaver presence/absence and habitat variables (geomorphology, soil, and vegetation) were measured in the field and from satellite images in sites colonized at intermediate (Brunswick Peninsula ~1994) and long-term (Navarino Island ~1960) periods to predict this species’ habitat use. Habitat suitability models were constructed using generalized linear models with those variables significantly different between sites with and without beaver. As hypothesized, a significant explanatory habitat model could not be developed for long-term occupation sites. However, beaver presence was predictable at intermediate colonization sites, and the best significant model included only river sinuosity and explained 74% of data variability. The model suggested that beavers used areas with greater river sinuosity, which could be measured from satellite images. Since remotely-sensed information requires less field effort, this approach could be useful in southern Patagonia’s remote areas, where access is difficult. Additionally, these findings highlight the overall difficulty of planning a large-scale beaver eradication program and predicting beaver habitat use across a gradient of habitat types and colonization stages.


Uso del hábitat por el castor norteamericano invasor durante etapas de colonización intermedia y de largo plazo en la Patagonia austral. Desde su introducción en la Patagonia austral en 1946, el castor norteamericano (Castor canadensis) ha provocado graves impactos en ríos y bosques nativos. Científicos y tomadores de decisiones recomiendan su erradicación, requiriendo investigación para orientar acciones. John et al. (2010) mostraron que la predicción de presencia de castores, fundamental para planificar una erradicación, varía a través del tiempo (colonización inicial = ocupación de sitios al azar e impredecible; intermedia = ocupación predecible de sitios óptimos; antigua = ocupación impredecible de sitios sub-óptimos). Evaluamos presencia/ausencia de castores y variables de hábitat (geomorfología, suelo, vegetación) in situ y mediante imágenes satelitales en ríos de colonización intermedia (Península Brunswick ~1994) y antigua (Isla Navarino ~1960) para predecir el uso de hábitat de la especie. Construimos modelos de hábitat adecuado usando modelos lineales generalizados con las variables significativamente diferentes entre sitios con y sin castores. Como hipotetizamos, no fue posible obtener un modelo de hábitat para sitios de ocupación antigua. Sin embargo, la presencia de castores fue predecible en sitios de colonización intermedia y el mejor modelo incluyó solo la variable sinuosidad del rio y explicó un 74% de la variabilidad. Este modelo sugiere que los castores usan sitios con alta sinuosidad, variable que puede ser registrada en forma remota. La información obtenida desde sensores remotos requiere menores esfuerzos de trabajo en terreno, una aproximación que sería útil en áreas alejadas de la Patagonia austral donde el acceso a sitios colonizados por castor es dificultoso. Adicionalmente, estos resultados remarcan la complejidad de diseñar un programa de erradicación del castor a gran escala y la de predecir su ocupación en un gradiente de hábitats y etapas de colonización.

Phylogenetic relationships between tuco-tucos (Ctenomys, Rodentia) of the Corrientes Group and the C. pearsoni complex

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Lineage delimitation is of extreme importance in evolutionary biology and constitutes an essential tool in basic and applied fields including conservation. We addressed the delimitation of two closely related species complexes of South American rodents of the genus Ctenomys (tuco-tucos), namely the C. pearsoni and Corrientes groups, whose relationships have been unclear or conflicting in previous phylogenetic studies. We performed a molecular phylogenetic analysis, increasing the number of representatives of each group and including sequences of three mitochondrial loci (the complete cytochrome b coding sequence, and partial regions of the cytochrome oxydase I gene and the D-loop of the control region). The trees obtained using Bayesian Inference and Maximum Parsimony methods show the Corrientes group and the C. pearsoni complex as reciprocally monophyletic sister clades, with higher values of intergroup compared to intragroup genetic distances. These results indicate that the Corrientes group and the C. pearsoni complex are differentiated lineages. The resulting tree topology is in agreement with a scenario of independent chromosomal rearrangements from the ancestral karyomorph (2n = 70 FN = 84), leading to the considerable chromosomal diversity that characterizes both groups.


Relaciones filogenéticas entre los tuco-tucos (Ctenomys, Rodentia) del grupo Corrientes y del complejo C. pearsoni. La delimitación de linajes tiene una gran importancia en biología evolutiva y constituye una herramienta fundamental en disciplinas básicas y aplicadas incluyendo la conservación. Abordamos la delimitación de dos complejos de especies de roedores sudamericanos del género Ctenomys (tuco-tucos), denominados grupos C. pearsoni y Corrientes, cuyas relaciones resultaron poco claras o conflictivas en estudios filogenéticos previos. Realizamos una filogenia molecular, aumentando el número de representantes de cada grupo e incluyendo secuencias de tres marcadores mitocondriales (la secuencia completa de la región codificante del gen del citocromo b y secuencias parciales del gen de la enzima citocromo oxidasa I, y del D-loop de la región control). Los árboles obtenidos mediante métodos de inferencia bayesiana y máxima parsimonia muestran que el grupo Corrientes y el complejo C. pearsoni son grupos hermanos recíprocamente monofiléticos con mayores valores de distancias genéticas entre grupos que dentro de los grupos. Estos resultados indican que el grupo Corrientes y el complejo C. pearsoni son linajes diferenciados. La topología resultante es consistente con un escenario de fijación de reordenamientos cromosómicos independientes a partir del cariomorfo ancestral (2n = 70 NF = 84), dando origen a la considerable diversidad cromosómica que caracteriza a ambos grupos.