Autor: Isabel Gómez Villafañe

Isabel E. Gómez Villafañe, Isabel Elisa Gómez Villafañe

Jaborá orthohantavirus in rodents of Alto Paraná Atlantic Forest: first description in Argentina

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The genus Orthohantavirus groups rodent-borne hantaviruses, including non-pathogenic and pathogenic viruses. The latter include agents that cause hantavirus pulmonary syndrome (HPS), a severe disease endemic to the Americas. In northeastern Argentina, the first HPS cases were reported in the province of Misiones in 2003. The viruses Lechiguanas and Juquitiba were characterized from blood samples of HPS cases, but only the latter was found in rodents in the area. In neighboring areas of the Atlantic Forest in Brazil and Paraguay, Juquitiba and Jaborá viruses (JABV) were found associated with Oligoryzomys nigripes and Akodon montensis, respectively. We collected rodent samples from 2017 to 2020 and analyzed them for IgG antibodies against hantavirus by ELISA. For the positive rodents, we extracted total RNA and performed reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) followed by a nested PCR. The phylogenetic analysis included 35 nucleotide sequences from the GenBank public repository. Of 746 captured rodents, IgG was detected in 14 A. montensis (28%, n = 50). The viral genome amplification revealed a new orthohantavirus to Argentina. The genotype in consistent with the JABV found in neighboring countries. This paper reports JABV as a new orthohantavirus variant in Argentina, expanding the known range of this variant. This finding has public health relevance because prevention is the main tool to avoid human infection.

Jaborá Orthohantavirus en roedores del Bosque Atlántico del Alto Paraná: primera descripción en Argentina. El género Orthohantavirus agrupa los hantavirus transmitidos por roedores, incluidos los virus patógenos y no patógenos. Entre estos últimos se encuentran los agentes causantes del síndrome pulmonar por hantavirus (SPH), una enfermedad grave endémica de las Américas. En el noreste de Argentina, los primeros casos de SPH se registraron en 2003. Se caracterizaron los hantavirus Lechiguanas y Juquitiba a partir de los casos de SPH, pero solo el último se encontró en roedores de la zona. Los virus Juquitiba y Jaborá (JABV) fueron encontrados posteriormente en áreas cercanas de la Mata Atlántica en Brasil y Paraguay, asociados a Oligoryzomys nigripes y Akodon montensis, respectivamente. Aquí analizamos muestras de roedores obtenidas entre 2017 y 2020 y detectamos anticuerpos IgG contra orthohantavirus mediante la técnica ELISA. Para los roedores positivos, se extrajo el ARN total y se sometió a la transcripción inversa-reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) seguida de una PCR anidada. Para el análisis filogenético se incluyeron 35 secuencias de nucleótidos del repositorio público GenBank. De 746 roedores capturados, se detectó IgG en 14 A. montensis (28%, n = 50). La amplificación del genoma viral reveló un nuevo orthohantavirus para Argentina, cuyo genotipo es consistente con el JABV encontrado en países limítrofes. Este estudio informa al JABV como una nueva variante de orthohantavirus para Argentina, y expande así el rango conocido de esta variante. Este hallazgo es de relevancia en salud pública, en relación a una patología donde la prevención es la principal herramienta para evitar la infección a humanos.

Graphical abstract for the article “Jaborá orthohantavirus in rodents of Alto Paraná Atlantic Forest: first description in Argentina” (Bellomo et al., 2024)

Intestinal helminth community structure of white-eared opossum (Didelphis albiventris) that inhabit rural areas of Buenos Aires, Argentina

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The white-eared opossum (Didelphis albiventris) is a neotropical marsupial that inhabits various ecoregions and highly modified environments. However, there is limited research on host-parasite interactions and the structure of helminth communities in D. albiventris. Therefore, the aim of this study is to investigate the intestinal helminths of D. albiventris inhabiting a rural area in Buenos Aires, Argentina, and assess the relationship between host age and sex, and helminth community structure. Opposums were captured in 2004 and intestines were examined to detect helminths. By analyzing 22 intestines, we identified a total of 8 978 helminths, including Cruzia tentaculata, Turgida turgida, Rhopalias coronatus, Brachylaima sp., individuals of the family Diplostomidae, and a single specimen of a cestode. Among these, C. tentaculata and R. coronatus were the most prevalent species, with C. tentaculata exhibiting the highest levels of abundance, mean intensity, and aggregation index. To assess the influence of host sex and age on parasite abundance and probability of occurrence, we conducted Generalized Linear Models. The results revealed that host juveniles had lower helminth prevalence and abundance compared to other age categories. Host sex was only significant in interaction with host age for parasite abundance in C. tentaculata and R. coronatus. Most captured juveniles relied on maternal feeding, potentially reducing exposure to consuming infected intermediate hosts with indirect life cycles. Understanding the parasite ecology of this opossum species in modified environments provides valuable information about their role at the wildlife-human interface in anthropogenic areas.

Estructura de la comunidad helmíntica intestinal de las comadrejas overas (Didelphis albiventris) que habitan áreas rurales de Buenos Aires, Argentina. La comadreja overa Didelphis albiventris es un marsupial neotropical que habita en diversas ecorregiones, y con frecuencia se halla en ambientes peridomésticos. Si bien existen estudios que describen los parásitos de D. albiventris, los que contemplan asociaciones entre estos y las características intrínsecas del hospedador son escasos. El objetivo de este estudio fue describir los helmintos intestinales de Didelphis albiventris en un área rural de Buenos Aires, y evaluar la influencia del sexo y la edad del hospedador sobre la presencia y abundancia de parásitos. Se analizaron 22 intestinos provenientes de la captura de ejemplares de D. albiventris y se realizaron Modelos Lineales Generalizados. Se hallaron 8 978 helmintos: Cruzia tentaculata, Turgida turgida, Rhopalias coronatus, Brachylaima sp.; familia Diplostomidae y un cestode. Cruzia tentaculata y R. coronatus fueron las especies más prevalentes; de ellas, C. tentaculata presentó mayor abundancia, intensidad media e índice de agregación. Los helmintos hallados son heteroxenos y fueron registrados previamente para esta especie. Los resultados indican que los individuos juveniles poseen una menor presencia y abundancia de helmintos, lo cual estaría asociado a su modo de alimentación. El sexo solo fue significativo en interacción con la edad para la abundancia de C. tentaculata y R. coronatus. Estudiar la estructura de la comunidad parasitaria de D. albiventris y los factores que la determinan proporciona información sobre su papel en el ambiente, particularmente en ambientes modificados, donde la interacción fauna silvestre-humanos es mayor. Futuros estudios que contemplen características ambientales y tamaño corporal del hospedador complementarán los resultados hallados en este estudio.

Graphical abstract for the article “Intestinal helminth community structure of white-eared opossum (Didelphis albiventris) that inhabit rural areas of Buenos Aires, Argentina” (Illia et al., 2024)

Categorización de los mamíferos de Argentina 2019: resumen y análisis de las amenazas

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La evaluación de especies según su riesgo de extinción se ha convertido en una importante herramienta de decisión para la implementación de políticas de conservación. En este trabajo resumimos los resultados de la última categorización oficial de los mamíferos de Argentina, haciendo énfasis en las amenazas identificadas. Este proceso fue encabezado por la Dirección de Fauna Silvestre del Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible y la Sociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos, que a partir de distintos talleres y la participación de 446 especialistas generó la categorización de los mamíferos de Argentina 2019. Se siguió la metodología propuesta por la UICN con modificaciones para las evaluaciones regionales y se evaluaron 17 posibles amenazas. El principal resultado es una ficha para cada especie, publicada en línea y de acceso libre (https://cma.sarem.org.ar/). Se trabajó con 417 especies de mamíferos nativas, 16 de las cuales se consideró que no forman parte de la mastofauna argentina, y una especie no fue evaluada (Tremarctos ornatus) debido a controversias con respecto a su presencia en territorio argentino. Asimismo, se reconoció la presencia de poblaciones de 21 especies de mamíferos exóticos. El 24.8% de las especies de mamíferos de Argentina están amenazadas. El 92.7% de las especies de mamíferos están enfrentando alguna amenaza. Las amenazas que más afectan a los mamíferos de Argentina son la pérdida y degradación del hábitat, las cuales alcanzan al 80% de las especies. Este proceso es una herramienta vital para el manejo y la conservación de los mamíferos de Argentina.

Red List assessment of the mammals of Argentina 2019: summary and analysis of threats. Assessing the extinction risk of species has become an important decision tool for the implementation of species conservation policies. In this work we summarize the result of the latest official categorization of the mammals of Argentina with emphasis on the threats identified. The assessment process was led by the Wildlife Department of Argentina’s Ministry of Environment and Sustainable Development and the Argentinean Society for Mammal Research, which conducted the 2019 categorization of the mammals of Argentina during different workshops and with the participation of 446 specialists. The methodology for regional assessments proposed by the IUCN was followed, and 17 potential threats were evaluated. The main result is an on-line free access assessment for each species (https://cma.sarem.org.ar/). A total of 417 species were considered, 16 of which were deemed not to be part of the Argentine mammal fauna, and one was not assessed (Tremarctos ornatus) due to controversies regarding its presence in Argentina. Furthermore, the presence of 21 species of exotic mammals was recognized. A 24.8% of Argentina’s mammal species are threatened with extinction, and 92.7% of them are facing some kind of threat. The threats that affect the mammals of Argentina are habitat loss and degradation, which affect 80% of all assessed species. This process is a vital tool for the management and conservation of the mammals of Argentina.

Graphical abstract for the article “Categorización de los mamíferos de Argentina 2019: resumen y análisis de las amenazas” (Abba et al., 2022)

Nuevos registros de Calomys tener (Rodentia: Cricetidae, Sigmodontinae) que amplían la distribución y diversidad genética conocida para Misiones, Argentina

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La provincia de Misiones tiene una gran diversidad de roedores; algunos de ellos, como Calomys tener, cuentan con pocos registros y su presencia en el territorio provincial ha sido ampliamente discutida. Los objetivos de este trabajo fueron: a) aportar información de una nueva localidad de presencia, b) describir morfológicamente, y c) analizar la variabilidad molecular del citocromo b de Calomys tener. A partir de campañas de muestreo realizadas en 2017 y 2018, se capturaron cuatro individuos que fueron identificados morfológica y molecularmente como C. tener. Estos nuevos registros amplían la distribución de la especie hacia el norte de la provincia de Misiones. Las secuencias de C. tener obtenidas en este estudio, junto a las disponibles en GenBank provenientes de Paraguay, Brasil, Bolivia y Argentina, muestran que los haplotipos encontrados en Misiones son divergentes, sugiriendo una colonización múltiple desde diferentes áreas geográficas.

New records of Calomys tener (Rodentia: Cricetidae, Sigmodontinae) that expand the distribution and known genetic diversity for Misiones, Argentina. Misiones province has a great diversity of rodents; some of them, such as Calomys tener, have few records and their presence in the province has been widely discussed. The aims of this work were to: a) provide information on a new locality of presence, b) describe morphologically, and c) analyze the molecular variability of cytochrome b of Calomys tener. Based on sampling seasons carried out in 2017 and 2018, four individuals were captured and identified morphologically and molecularly as C. tener. This new records extend the species distribution to the north of the province of Misiones. The sequences of C. tener obtained in this study, together with those available in GenBank from Paraguay, Brazil, Bolivia and Argentina, show that the haplotypes found in Misiones are divergent, suggesting multiple colonization from different geographic areas.

Graphical abstract for the article “Nuevos registros de Calomys tener (Rodentia: Cricetidae, Sigmodontinae) que amplían la distribución y diversidad genética conocida para Misiones, Argentina” (Burgos et al., 2022)

Urban rodents of the city of Diamante, Entre Ríos, Argentina

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Some native cricetid rodents are well adapted to modified environments; therefore, they could inhabit periurban or even urban environments. The city of Diamante is a small riverside city immersed in a matrix of wetland and croplands which are inhabited by cricetid rodents. This city could offer available habitats to island rodents principally during extreme flood events. The objective of this study was to determine the composition of the rodent assemblage in this small riverside city of Diamante, Entre Ríos, Argentina, not studied so far, after an exceptional magnitude flood mediated by an ENSO-El Niño event. Small rodents were live-trapped in autumn and spring 2016 in 127 sampling units (houses and vacant lots). The relationship among rodent abundance and the minimal distance to the Paraná river and to boundaries of the city, and the presence of dogs, cats, chickens and litter were explored by means of Generalized Linear Models. Mus musculus and Rattus rattus were captured in 18.7% and 1.9% of the sampling units, respectively, while R. norvegicus and Oxymycterus rufus were found in 0.9% of these. Mus musculus abundance was not associated with its presence in houses or vacant lots or with any other explanatory variables. This study showed that this riverside city does not harbor populations of native rodents, not even in extreme flooding periods.

Roedores urbanos de la ciudad de Diamante, Entre Ríos, Argentina. Algunos roedores cricétidos nativos se adaptan bien a ambientes modificados; por lo tanto, podrían habitar entornos periurbanos o incluso urbanos. El objetivo de esta investigación fue determinar la composición del ensamble de roedores en una pequeña ciudad ribereña inmersa en una matriz de humedales y tierras de cultivo. El estudio se realizó en la ciudad de Diamante, Entre Ríos, Argentina, y fue el primero en su tipo. Esta ciudad está rodeada de islas del río Paraná habitadas por roedores cricétidos y, durante esta investigación, se produjo una inundación mediada por el ENSO-El Niño de magnitud extraordinaria. Se realizó un muestreo de pequeños roedores en otoño y primavera de 2016 en 127 casas y baldíos de la ciudad. La relación entre la abundancia de los roedores y la distancia mínima al río Paraná y a los límites de la ciudad, y la presencia de perros, gatos, gallinas y basura fueron exploradas mediante Modelos Lineales Generalizados. Mus musculus y Rattus rattus se capturaron en el 18.7% y 1.9% de las unidades funcionales, respectivamente; mientras que R. norvegicus y Oxymycterus rufus se encontraron en el 0.9% de estas. Ni el tipo de unidad funcional ni las demás variables explicativas se asociaron a la abundancia de M. musculus. Este estudio demostró que esta ciudad ribereña no alberga poblaciones de roedores nativos, ni siquiera en períodos de inundaciones extremas.

Drawings and notes by Elio Massoia. Photo collage by Damián Voglino.

Connectivity among Norway rat subpopulations (Rattus norvegicus) at poultry farms in Exaltación de la Cruz, Buenos Aires, Argentina

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Despite the substantial economic and human health problems produced by rodents of the genus Rattus almost nothing is known about its actual dispersal. In the present study we analyze the genetic subdivision of R. norvegicus inhabiting poultry farms of Buenos Aires, Argentina, and the relation between geographic and genetic distances by means of variation in microsatellite loci. We genotyped 40 rats captured between April-06 and June-07 from nine poultry farms distributed in an area of 110 km². No genetic subdivision was found among different poultry farms. This result supports the hypothesis of high connectivity between R. norvegicus inhabiting poultry farms in Buenos Aires. Because this species is a known host of diverse zoonosis as leptospirosis and trichinosis, our results point out that there is a great risk of transmission for distances lower than 12 km. Health control and preventive measures should therefore be applied simultaneously in all nearby poultry farms.

Conectividad entre las subpoblaciones de rata noruega (Rattus norvegicus) que habitan granjas avícolas de Exaltación de la Cruz, Buenos Aires, Argentina. A pesar de los problemas económicos y de salud producidos por roedores del género Rattus, se conoce muy poco sobre su dispersión efectiva. En el presente estudio analizamos la subdivisión genética de las subpoblaciones de R. norvegicus que habitan granjas avícolas de Buenos Aires, Argentina, y la relación entre las distancias geográficas y genéticas por medio de la variabilidad en loci de microsatélites. Se genotiparon 40 ratas capturadas entre abril-06 y junio-07 en nueve granjas avícolas distribuidas dentro de un área de 110 km². No se encontró subdivisión genética entre las diferentes granjas avícolas. Esto apoya la hipótesis de alta conectividad entre R. norvegicus que habitan granjas avícolas en Buenos Aires. Debido a que R. norvegicus es un conocido hospedador de diversas zoonosis como leptospirosis y triquinosis, nuestros resultados indican que existe un gran riesgo de transmisión para distancias menores a 12 km. Las medidas de control y prevención sanitarias deberían, por lo tanto, aplicarse en todas las granjas cercanas en forma simultánea.

Movements of Norway rats (Rattus norvegicus) in two poultry farms, Exaltación de la Cruz, Buenos Aires, Argentina

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The aim of this work was to study the range of movements of Norway rats in two poultry farms in Exaltación de la Cruz, Buenos Aires Province. Three female and three male rats were followed by radio-telemetry. The mean home range was 0.024 ha (0.0024 to 0.0525 ha) and the mean maximum distance between localization points was 33.70 m (10 m to 66 m). The maximum daily movement registered was 65 m. Individuals captured near sheds or pigpens did shorter displacements than those captured on the perimeter of each farm. Our results indicate that Norway rats moved only short distances in poultry farms.

Movimientos de ratas noruegas (Rattus norvegicus) en dos granjas avícolas de Exaltación de la Cruz, Buenos Aires, Argentina. El objetivo de este trabajo fue el de estudiar el área mínima de movimientos de la rata noruega en dos granjas avícolas de Exaltación de la Cruz, provincia de Buenos Aires, para lo cual se siguieron los movimientos de seis ratas (tres hembras y tres machos) mediante radio-telemetría. El radio de acción promedio fue de 0.024 ha (0.0024 a 0.0525 ha) y la máxima distancia promedio entre puntos de localización fue de 33.70 m (10 m a 66 m.). El movimiento diario máximo registrado fue de 65 m. Los individuos capturados cerca de los galpones o chiqueros realizaron menores desplazamientos que aquellos capturados en el perímetro de cada granja. Los resultados indican que la rata noruega en las granjas avícolas solo se mueve distancias cortas.